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Por cristina, 14 septiembre, 2012

Entre los días 3 al 7 de septiembre de 2012 tuvo lugar en el Centro Nacional Patagónico (CENPAT) de Argentina, el taller teórico-práctico: Métodos y calidad en la digitalización de colecciones utilizando software de adquisición de datos, organizado por el CENPAT-CONICET con el financiamiento del Sistema Nacional de Datos Biológicos (SNBD) del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva. El curso lo dictaron los Doctores Francisco Pando y Katia Cezón (GBIF España) y coordinado por el Lic. Renato Mazzanti, participaron del mismo conservadores, auxiliares y bioinformáticos que trabajan con colecciones biológicas institucionalizadas adheridas.

Tuvo como objetivos actualizar los estándares para proveer calidad en los procesos de digitalización de datos de colecciones biológicas de los Museos, Universidades e Institutos de Investigación que albergan estos materiales biológicos en Argentina. Hubo una gran interacción con el personal docente de vasta experiencia que permitirá a las instituciones participantes mejorar procesos y protocolos para la gestión de sus colecciones. El total de participantes fueron 37 de diversas instituciones argentinas, de las provincias de Buenos Aires, Chubut, Córdoba, Mendoza, San Luis, Tucumán y CABA.

Todos los materiales del taller están diponibles online: http://www.cenpat.edu.ar/noticias/noticias49.html

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Por cristina, 27 julio, 2012

Ya está disponible la nueva versión de DARWIN TEST 3.2. Esta aplicación está diseñada para comprobar la calidad de las bases de datos de biodiversidad que se ven a través de la red de GBIF y que tienen el formato estándar Darwin Core 1.2 o Darwin Core 1.4. Entre algunas de sus funcionalidades está también la de transformar coordenadas UTM, MGRS y geográficas sexagesimales a coordenadas geográficas decimales y la de generalizarlas para disminuir su grado de precisión.

En esta nueva versión de Darwin Test se mejora la opción para trabajar con ficheros Darwin Core Archive, el nuevo estándar de publicación de los datos en la red de GBIF. Además, se incorpora la posibilidad de importar metadatos procedentes de archivos eml.xml (en su variante GML Gbif metadata profile); se mejora el cálculo del ICA (Índice de Calidad Aparente); y se ha mejorado la interfaz gráfica que la hace más manejable. También es posible ahora la conversión entre tablas Darwin Core 1.2, Darwin Core 1.4 y ficheros «Darwin Core Archive» de todas las maneras posibles.

Para descargar la aplicación y obtener más información podéis visitar la siguiente página web: http://www.gbif.es/darwin_test/Darwin_Test.php

Comentarios desactivados en Vídeos en línea del taller GBIF sobre Identificadores Persistentes

Por cristina, 4 mayo, 2012

Ya están disponibles en línea los vídeos del pasado Taller sobre Identificadores persistentes para datos de biodiversidad organizado por GBIFS y GBIF España el pasado mes de febrero de 2012 en el Real Jardín Botánico CSIC en Madrid. En total 17 sesiones teóricas impartidas por Greg Riccardi de Florida State University, Nicola Nicolson del Royal Botanic Gardens (Kew) y Kevin Richards del Landcare Research pueden ser visualizadas en streaming a través de las páginas web de la CIENCIATK CSIC y  de GBIF España.

Comentarios desactivados en Why Biological Collections 3.0?

Por cristina, 15 marzo, 2012

1.0. When Linnaeus decided to unbind the volumes that used to constitute the herbaria (Hortus Siccus) in order to handle the samples as independent sheets that could be reordered, compared, and added, he made a key change in the way the world biodiversity was described and catalogued.

>>>  Heywood, V.H.  (1983) The mythology of taxonomy. Trans. Bot. Soc. Edinburgh 44(2): 79-94

2.0. Collections grew based on the organization Linnaeus set, and were victims of their own success though. As a whole, they became the most vast and reliable repository of knowledge about biodiversity. However, retrieving information turned difficult or even impossible in many occasions, e.g. which plants from that collection belong to this area? Computer science, first with the help of databases and later using the Internet, allows those collections to be used -as source of information- in taxonomy, among many other purposes.

>>> Suárez, A.V. & Tsutsui, N.D. (2004). The Value of Museum Collections for Research and Society. BioScience 54 (1): 66-74

3.0. We are at the beginning of a new scientific paradigm («A new era of data-intensive science» Douglas Kell). In this scenario, the potential of collections is both obvious and enormous. However, collections must be reinvented to be able to achieve any goal, i.e. their information must be easily accessible and integrative, challenges and pressures coming from the molecular biology field must be assimilated, data images must be connected and related, etc.

>>>  Hey,T., Tansley,S., & Tolle,K. (Eds.) ( 2009). The fourth Paradigm. Data-Intensive Scientific Discovery. Microsoft Research. Redmon. E.E.U.U.